rid.common package

Subpackages

• rid.common.gromacs package
  • Submodules
  • rid.common.gromacs.command module
    • get_grompp_cmd()
    • get_mdrun_cmd()
  • rid.common.gromacs.gmx_constant module
  • rid.common.gromacs.mdp module
    • check_basic_argument()
    • make_md_mdp_from_config()
    • make_md_mdp_string()
    • make_mdp_from_json()
    • modify_define()
    • modify_output()
  • rid.common.gromacs.trjconv module
    • slice_trjconv()
• rid.common.lammps package
  • Submodules
  • rid.common.lammps.lmp_constant module
• rid.common.plumed package
  • Submodules
  • rid.common.plumed.check_plumed module
  • rid.common.plumed.make_plumed module
  • rid.common.plumed.plumed_constant module
• rid.common.sampler package
  • Submodules
  • rid.common.sampler.command module
    • get_grompp_cmd()
    • get_mdrun_cmd()
• rid.common.tensorflow package
  • Submodules
  • rid.common.tensorflow.graph module
    • load_graph()

Submodules

rid.common.mol module